乡镇卫生院主要靠县级财政与农村集体经济联合支撑。20世纪80年代后中国进入转型时期，特别是1992年卫生院“三权”(人事权、财权、管理权)下放到乡镇，由于集体经济支撑的缺失、传统合作医疗的式微、乡级财政困难与投入的不足，致使乡镇卫生院出现“三三制”局面。
随着市场经济体制改革的推进和示范效应，乡镇卫生院为了自救，也融入改革的洪流中，全国有许多卫生院都采取了承包、租赁或股份合作等“企业改革”的经营模式，在改革的进程中，
乡镇卫生院的基本功能遭到了不同程度的削弱、倒退和异化：预防保健功能削弱、基本医疗服务追求市场效益、基本放弃对村卫生室(所)的管理职能；这样，乡镇卫生院几乎变成单纯提供医疗服务的竞争性机构，作为为农村社区居民提供综合的预防保健和基本医疗服务的公益性事业单位的乡镇卫生院，已被异化为营利性医疗机构。
这样的“乡镇卫生院”自然是以营利为目的，走上了依靠市场、大力发展医疗服务的道路，与同样失去任何财政补偿渠道、基本为私人举办的村级卫生所，都成了站在同一起跑线上的竞争者。
这样，农村“三级预防保健网”在“网底”和“中枢”的割裂、分散中倒退了。从而成为农民预防保健滑坡、“看病难、看病贵”的一个重要背景。
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