高岭土诱导脑积水长非编码RNA和信使RNA差异表达谱的综合分析。

高岭土诱导脑积水长非编码RNA和信使RNA差异表达谱的综合分析。

作者： 上海九院 史妍慧，刘建仁

继发性脑积水是常见病，往往在蛛网膜下腔出血，脑膜炎后出现，造成神经损伤。我们研究了脑积水的表观遗传学，发现脑积水患者共有1575个lncrnas和1168个mrnas的差异表达（de）。Go和Kegg分析表明，几种免疫和炎症反应相关的途径可能对脑积水 很重要。此外，基于共表达网络的功能富集分析也显示了几种类似的途径，如趋化因子信号途径、噬菌体、MAPK信号途径以及补体和凝血级联。顺式调控预测表 明，5个新的lncrnas可能调控其附近的编码基因，反式调控揭示了几种lncrnas参与转录因子调控的途径，包括bptf、foxm1、 nr5a2、p2rx5和nr6a1。

文章发表于Gene. 2019 Feb 21;697:184-193. doi: 10.1016/j.gene.2019.02.041., 具体内容如下——

摘要

背景：


脑积水致脑损伤的病理生理学尚不清楚。长非编码RNA（lncrnas）已被证实与许多中枢神经系统疾病有关。然而，lncRNas在脑积水损伤中的作用尚不清楚。

方法：


本研究用高通量RNA测序法描述了用高岭土诱导的脑积水和生理盐水对照的C57BL/6小鼠的lncRNAs和信使RNAs（mRNAs）的表达谱。随后，基因本体（Go）和京都基因和基因组百科全书（Kegg）路径分析被用来识别与脑积水相关的潜在靶点。此外，用生物信息学方法预测了共表达网络和顺反调控。最后，利用定量实时聚合酶链反应进一步验证了有代表性的lncrnas和mrnas。

结果：


脑积水患者共有1575个lncrnas和1168个mrnas的差异表达（de）。Go和Kegg分析表明，几种免疫和炎症反应相关的途径可能对脑积水很重要。此外，基于共表达网络的功能富集分析也显示了几种类似的途径，如趋化因子信号途径、噬菌体、MAPK信号途径以及补体和凝血级联。顺式调控预测表明，5个新的lncrnas可能调控其附近的编码基因，反式调控揭示了几种lncrnas参与转录因子调控的途径，包括bptf、foxm1、nr5a2、p2rx5和nr6a1。

结论：


总之，我们的研究结果提供了脑积水相关的候选基因，并为脑积水中lncRNA的调控提供了新的视角。

版权所有©2019作者。由Elsevier B.V.出版。保留所有权利。

（上海九院 神经内科 脑卒中中心  刘建仁 教授）